■函館税関　安政6年（1859）設置――箱館運上所。北海道・北東北3県を管理。戦前は樺太も管理していました。
現在の支署は稚内・留萌・札幌・小樽・根室・釧路・苫小牧・室蘭・青森・八戸・秋田船川・宮古・大船渡　※秋田船川支署は以前は新潟税関の支署でした。

■横浜税関　安政6年（1859）設置――神奈川運上所。神奈川県から宮城県までの太平洋岸を管理。
現在の支署は塩釜・仙台・小名浜・鹿島・千葉・川崎・横須賀。

■東京税関　昭和28年（1953）独立。昭和28年に横浜税関から独立し、昭和30年（1955）に新潟税関およびその酒田支署を合併しました。慶応3年（1867）に幕府が東京運上所を設置しましたが、のちに消滅しています。
現在の支署は新潟・酒田・成田で、東京・埼玉・群馬・山梨・新潟・山形の6都県を管轄しています。
千葉県は基本的には横浜税関の管轄なのですが、成田空港関連施設だけは東京税関が担当しています。

■大阪税関　慶応3年（1867）設置――川口運上所。大阪・京都・和歌山および北陸3県を管轄しています。
現在の支署は和歌山・関西空港・堺・京都・舞鶴・敦賀・金沢・伏木。

■名古屋税関　昭和12年（1937）独立。明治40年（1907）に大阪税関名古屋支署として発足。昭和12年（1937）に独立。東海地区を管轄。現在の支署は、清水・豊橋・中部空港・四日市。
豊橋支署はトヨタのためにあるような税関といえます。

■神戸税関　慶応4年（1868）設置――兵庫運上所。横浜と並ぶ大国際港・神戸と共に発展した税関。兵庫県だけでなく、中国地方の大部分と四国地方を管轄しています。
現在の支署は姫路・尼崎・境・浜田・宇野・水島・福山・広島・呉・小松島・坂出・新居浜・今治・松山・高知。異様に支署の多い区域です。

■長崎税関　元禄11年（1698）設置――長崎会所。江戸時代初期からある日本最古の税関。九州全域から山口県までを管轄していましたが、昭和28年（1953）に門司税関を分離しました。
現在の担当地域は九州西部4県で、支署は佐世保・三池・八代・鹿児島です。

■門司税関　昭和28年（1953）独立。門司港・福岡港の取扱量が多いため、昭和23年（1953）に長崎税関から独立し、九州の東部3県と山口県を管轄しています。
現在の支署は岩国・徳山・宇部・下関・戸畑・博多・福岡空港・伊万里・厳原・細島・大分。

■沖縄地区税関　昭和26年（1951）設置――琉球税関。明治19年（1886）に長崎税関の西表支署が設置され、明治27年（1894）には那覇支署も開設されていました。戦後アメリカにより、昭和26年（1951）琉球税関と名瀬支署が設置されますが、名瀬は奄美の日本復帰に伴い長崎税関の管轄に移行。沖縄本土復帰後の昭和47年（1972）に沖縄地区税関が設置されました。
現在の支署は沖縄・那覇空港・石垣。沖縄支署というと紛らわしいのですが、沖縄市にある支署のことです。